Do kraja 1995. ubijeno je više stotina civila srpske nacionalnosti, uništeno je i spaljeno više tisuća kuća i gospodarskih zgrada čiji su vlasnici bili Srbi
Za vrijeme, a u mnogo većoj mjeri nakon Oluje, počinjen je niz zločina nad preostalim srpskim stanovništvom i njihovom imovinom na vojnom operacijom oslobođenom području. Intenzitet zločina bio je snažniji na području nekadašnjeg UN-ova sektora Jug nego li na području nekadašnjeg UN-ova sektora Sjever. U razdoblju do kraja 1995. godine ubijeno je više stotina civila srpske nacionalnosti, a uništeno je, mahom spaljeno, više tisuća kuća i gospodarskih zgrada čiji su vlasnici u pravilu bili ljudi srpske nacionalnosti. Događaji neposredno nakon Oluje u sljedeća gotovo dva desetljeća, sporost i nevoljkost u istragama i procesuiranju tih zločina, bili su najveći uteg Hrvatskoj u međunarodnim odnosima i pristupanju Hrvatske Europskoj uniji.
Prema podacima Documente – centra za suočavanje s prošlošću, udruge koja prati suđenja za ratne zločine počinjene na teritoriju Hrvatske za vrijeme Domovinskog rata za zločine počinjene za vrijeme vojno-redarstvene akcije Oluja i neposredno nakon nje, pokrenuto je pet kaznenih postupaka (Varivode, zbog vremenskog odmaka od gotovo dva mjeseca od završetka akcije ne ulaze u ovu statistiku). Za zločine u Prokljanu i Mandiću Boži Bačeliću izrečena je pravomoćna osuđujuća presuda na sedam godina zatvora za ubojstvo bračnog para Damjanić i jednog ratnog zarobljenika. Troje je osoba u istom postupku oslobođeno. Za zločin počinjen u selu Grubori dvojici pripadnika ATJ Lučko izrečena je nepravomoćna oslobađajuća presuda. U Gruborima je ubijeno šest starijih civila srpske nacionalnosti. U slučaju zločina u selu Kijani gdje je ubijeno 14 civila kazneni je postupak u fazi podizanja optužnice. Kazneni postupak, odnosno istraga vođena protiv Željka Sačića i Franje Drlje, za zločin u Ramljanima je obustavljen jer je DORH zaključio da iz istrage ne proizlazi osnovana sumnja da su osumnjičeni počinili kazneno djelo.
Gotovinin bijeg
Daleko najveći medijski odjek i važnost imao je sudski postupak koji je Međunarodni kazneni sud za bivšu Jugoslaviju vodio protiv generala Ante Gotovine, Mladena Markača i Ivana Čermaka. Gotovina je optužen u svibnju 2001. godine, a u lipnju iste godine je nestao iz Hrvatske. U bijegu je bio četiri i pol godine. Markač i Čermak optuženi su 2004. godine, a te su optužnice spojene u jednu 2006. godine. Gotovinin bijeg bio je veliko opterećenje za Hrvatsku u međunarodnim odnosima i usporavao je hrvatsko pristupanje Europskoj uniji. S njegovim su se bijegom nosile dvije hrvatske vlade: Račanova i Sanaderova. Tek nakon što se u rujnu 2005. godine tadašnja glavna haška tužiteljica Carla del Ponte uvjerila da hrvatske vlasti doista tragaju za Gotovinom ne bi li on bio izručen Haškom tribunalu, izvijestila je Europsku komisiju da Hrvatska potpuno surađuje nakon čega su, u listopadu 2005., otvoreni pristupni pregovori Hrvatske za članstvo u EU. Gotovina je uhićen u Španjolskoj u prosincu 2005. i ubrzo je izručen Haagu. Suđenje je, do pravomoćne presude, potrajalo nešto manje od sedam godina.
Gotovina, Čermak i Markač optuženi su da su sudjelovali u udruženom zločinačkom pothvatu kojem je na čelu bio Franjo Tuđman, predsjednik Hrvatske (nije obuhvaćen optužnicom jer je umro 1999. godine), a cilj je tog pothvata prema optužnici bio »trajno uklanjanje srpskog stanovništva iz Krajine«. Kako bi se to »trajno uklanjanje« provelo, ono je prethodno, najkasnije od srpnja 1995. godine, pažljivo planirano, a u ostvarenju cilja počinjen je niz ratnih zločina za vrijeme operacije Oluja, ali i nakon njenog završetka, nad civilnim stanovništvom zaključno s 30. rujna, datumom koji je Tužiteljstvo u optužnici uzelo kao krajnji.
General Ivan Čermak je prvostupanjskom presudom izrečenom sredinom travnja 2011. godine oslobođen, Ante Gotovina osuđen je na 24 godine zatvora, a Mladen Markač na 18 godina. Ta je presuda protiv Gotovine i Markača pala u žalbenom postupku. Žalbeno je vijeće presudom izrečenom 16. studenoga 2012. godine oslobodilo i Gotovinu i Markača i oni su istoga dana pušteni na slobodu.
Slabost pravosuđa
Vjerojatno najzloglasniji zločin počinjen nakon Oluje jest onaj u selu Varivode. U tom selu nadomak Kistanja u poslijepodnevnim satima 28. rujna 1995. godine ubijeno je devetero civila srpske nacionalnosti, starijih osoba u dobi od 60 do 85 godina. Zločin u Varivodama ukazao je i na slabosti pravosuđa u Hrvatskoj. Za taj zločin nitko nije kažnjen, a djeci dvoje žrtava (Radivoj i Marija Berić) dosuđeno je obeštećenje. Za zločin u Varivodama optuženo je šestero pripadnika Hrvatske vojske koji su oslobođeni zbog nedostatka dokaza. Djeca ubijenih Radivoja i Marije Berić pokrenuli su parnicu tražeći obeštećenje, a nakon što njihovi zahtjevi nisu usvojeni na Općinskom sudu u Kninu i Županijskom u Šibeniku, usvojio ga je Vrhovni sud u ljeto 2012. godine. Bila je to presedanska odluka Vrhovnog suda kojom su priznate žrtve i utvrđen motiv zločina. Vrhovni sud zaključio je da je država zakazala u svojoj glavnoj zadaći, a to je zaštita sigurnosti svakoga građanina, a nad civilima u Varivodama izvršen je teroristički čin iz političkih pobuda s ciljem izazivanja straha, užasa i osjećaja osobne nesigurnosti građana.
