Josipović je bio prvi hrvatski političar koji je nakon rata govorio u srpskoj Narodnoj skupštini. Bilo je to u listopadu 2013. godine kada se susreo i s novim srpskim predsjednikom Tomislavom Nikolićem
Odmah nakon stupanja na dužnost predsjednika Republike u veljači 2010. godine Ivo Josipović je krenuo u seriju susreta s čelnicima takozvanog Zapadnog Balkana gdje je glavna tema bila međusobno ispričavanja za ono što je tko kome napravio između 1991. i 1995. godine. Tako je 14. travnja 2010. u Sarajevu izjavio da su »politike koje su devedesetih – bilo iz zloćudnosti, neznanja, arogancije ili ludosti – vjerovale da je rješenje za BiH podjela, posijale u BiH, ali i u svojim zemljama, zlo sjeme«, te da »duboko žali što je Hrvatska svojom politikom u devedesetim godinama tome pridonijela«.
Nekoliko se dana kasnije po treći puta u mjesec dana susreo s tadašnjih srpskim predsjednikom Borisom Tadićem. Tom je prilikom Tadić izjavio da da će »Hrvati i Srbi jednog dana imati zajednički udžbenik povijesti«, te da će to biti »poruka svim nevjernim Tomama da možemo imati zajedničku budućnost«. Njih su se dvojica pri puta susreli u ožujku 2010. godine u Opatiji kada su razgovarali o tužbama za genocid. Tom je prilikom Josipović rekao da »nađe li se mogućnost izvansudske nagodbe o pitanjima koja jesu predmet tužbi, te tužbe doista ne bi imale smisla«. Što se tiče odnosa sa Srbijom, Josipović je bio prvi hrvatski političar koji je nakon rata govorio u srpskoj Narodnoj skupštini.
Bilo je to u listopadu 2013. godine kada se susreo i s novim srpskim predsjednikom Tomislavom Nikolićem, te posjetio sela u Vojvodini nastanjena Hrvatima. Josipović nije zaboravio ni Republiku Srpsku s čijim se predsjednikom Miloradom Dodikom službeno susreo u ožujku 2011. godine u Slavonskom Brodu. I dok je s predstavnicima Srba iz Srbije i Republike Srpske imao jako dobre odnose to nije bio slučaj s možda najutjecajnijim srpskim političarom u Hrvatskoj – Miloradom Pupovcem. Nakon što je tjednik Novosti, kojeg izdaje Srpsko narodno vijeće kojem je na Pupovac na čelu, objavio nekoliko tekstova kojima se propituju neki kontrovrezni Josipovićevi poslovi, između ove dvojice došlo je u kolovozu 2012. do pravog verbalnog rata. Stvari su otišle tako daleko da je Josipović Pupovca optužio za »etnobiznis«, te da svjesno kreiranje sukoba niskog intenziteta između Srba i Hrvata.
Dodao je da je Pupovac »izgradio monopol u zastupanju svoje etničke zajednice«, da se »nije libio da svoju poziciju HDZ-u jako potrebnog partnera debelo iskoristi«, da je »ne samo financijski nego i politički reketario HDZ-ovu vlast«, te da je »ishodio izborno rješenje koje je njegovoj stranci osiguravalo pretplaćenost na mjesta u Saboru«. Pupovac je pak njega nazvao »nevještim i neuvjerljivim obrtačom teza koji je otpočeo kampanju nedostojnu predsjednika jedne europske zemlje protiv jednog od vodećih aktera hrvatske europske budućnosti«.
Kontroverzni govor
Sredinom veljače 2012. godine Josipović je u izraelskom Knessetu održao kontroverzni govor u kojem je rekao rečenicu koja je zasmetala puno ljudi u Hrvatskoj, a to je da je »ustaška zmija sad oslabljena, ali je još uvijek tu«. Čak i neki umjereniji analitičari smatrali su da je Josipović pretjerao, odnosno da je prenaglasio snagu i utjecaj krajnje hrvatske desnice, trenutno krajnje marginalne političke snage, a sve kako ni se svidio svojim domaćinima. Josipović jest ovakvom ocjenom definitivno naštetio ugledu Hrvatske.
Ostatak govora nije bio sporan. U njemu je Josipović izrazio žaljenje zbog zločina počinjenih nad Židovima tijekom Drugog svjetskog rata na području takozvane Nezavisne države Hrvatske (NDH). Naglasio je da je tijekom drugog svjetskog rata u Hrvatskoj postojao široki antifašistički pokret otpora kao i da je i on sam »dijete Titova partizana«. Josipovićev otac Ante bio je nakon drugog svjetskog rata dužnosnik u komunističkoj vlasti, a sedamdesetih, tijekom represije nad sudionicima Hrvatskog proljeća bio je jedan od vodećih ljudi Saveza komunista Hrvatske (SKH). Josipović je spomenuo i povrat imovine, te naglasio da je u Hrvatskoj »proces denacionalizacije do sada obuhvaćao samo žrtve komunističkog razvlaštenja, a bilo bi ispravno kada bi se i žrtve Holokausta također uključile u zakone o povratu imovine«.
Josipović je bio aktivan i u procesu promjene Ustava 2010. godine. Tada je na njegov prijedlog u Ustav ugrađena norma o nezastarijevanju pretvorbenog kriminala. Nakon ljetnih praznika Josipović je u pismu predsjedniku Sabora također zagovrao ustavne promjene, a posebno se zauzeo za uvođenje preferencijalnog glasanja na parlamentarnim izborima.
S druge strane na domaćoj su mu političkoj sceni neki zamjerili nekritičko veličanje svega što dolazi s takozvane lijeve strane političkog spektra. Počelo je već tijekom predizborne kampanje 2010. godine kada je između dva kruga izbora u Rijeci rekao da je »siguran da će nakon ovih izbora mapa Hrvatske izgledati bitno drugačije nego što je izgledala do jučer, a to je zasigurno uvod u neke druge izbore na kojima će SDP mapu Hrvatske zasigurno potpuno zacrveniti«.
Josipović je 27. srpnja 2010. godine bio u Srbu na proslavi nekadašnjeg komunističkog Dana ustanka gdje je primjetio da neki od prisutnih nose »kape partizanke«.
– To su lijepe kape, one su poruke ljubavi i mira, poruke da više nikada ne bude zločina, genocida i rata, rekao je tada Josipović. Skup u Srbu održava se jednom godišnje kao spomen na oružani ustanak Srba u NDH iz srpnja 1941.. Tijekom prvih nekoliko dana ustanka lokalni su Srbi spalili nekoliko sela s hrvatskim i muslimanskim življem i pobili nekoliko stotina muškaraca, žena i djece kao odgovor na iste takve zločine koje su ustaše prije toga napravili nad lokalnim srpskim stanovništvom.
Žrtvovanje Jovića
Na samom kraju mandata Josipović je odlučio žrtvovati svog kontroverznog savjetnika Dejana Jovića. Sam je Jović već na početku mandata izazvao velike polemike svojom knjigom u kojoj među ostalim žali što nije stvorena jedinstvena jugoslavenska nacija što je izazvalo napade desnih komentatora na Josipovića koji kao predsjednik Hrvatske za savjetnika ima čovjeka koji žali što Hrvati uopće postoje. Jović je u više navrata izazvao polemike oko toga gdje su granice koje savjetnik ne smije prijeći izražavajući svoje vlastito mišljenje. Međutim, na kraju je Jović odletio zbog svog teksta u kojem dovodi u pitanje demokratičnost hrvatskog referendumao neovisnosti održanog u proljeće 1991. godine. Josipović je kao svog savjetnika za sigurnosna pitanja ostavio Sašu Perkovića koji je istu dužnosti obnašao i u mandatu Stjepana Mesića. Josipović je Perkovića ostavio na dužnosti čak i nakon što je njegov otac Josip, u komunizmu šef političke policije SR Hrvatske, izručen Njemačkoj gdje mu se sudi zbog ubojstva hrvatskog emigranta Stjepana Đurekovića.
